Sacamos el rabo y las pepitas del interior de los pimientos choriceros y los dejamos en remojo con agua caliente para que se hidraten mientras elaboramos la receta. Para ello, ponemos una cacerola en el fuego con aceite y pochamos la cebolla, el pimiento verde y el pimiento rojo picados, añadiendo el tomate triturado cuando hayan tomado color. Dejamos que se sofría un poco todo el conjunto y añadimos la guindilla. Después, quitamos la carne de los pimientos choriceros ya hidratados raspando con un cuchillo y la añadimos al sofrito removiendo bien, pasando a incorporar también el pan seco previamente tostado y troceado. Cubrimos con agua el sofrito, retiramos del fuego, trituramos bien con la batidora eléctrica y salpimentamos.

A continuación, pasamos la salsa del sofrito a una olla en la que también añadiremos agua para cocer las patatas, la cabeza de ajos entera y la copita de Brandy o de Cognac. Cortamos las patatas a dados irregulares (cachelos) y las introducimos en la olla. El agua que habremos añadido debe de cubrir unos dos dedos a las patatas.

Dejamos cocer todo el conjunto durante 20 o 30 minutos, permitiendo que las patatas absorban los sabores del sofrito. Entonces, cuando la patata ya esté cocida, apagamos el fuego y agregamos el bonito crudo, troceado a dados y ya salpimentado. Dejamos diez minutos con el resto de ingredientes todavía calientes y el pescado se habrá cocido con el propio calor del Marmitako, quedando jugoso y en su punto.